Открыта 9 сентября 1858 года по решению Священного Синода при правящем епископе Феофиле (Надеждине). Первый ректор — профессор Херсонской семинарии архимандрит Геннадий (Левицкий).
Первоначально Семинария не имела собственного здания, располагаясь в доме купца Лаптева напротив Вознесенского собора. Благословение Святейшего Правительствующего Синода на строительство здания Семинарии было получено самарским епископом Герасимом (Добросердовым) в 1867 году.
Семинария имела свою церковь, которая была освящена в 1872 году во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова.
После Октябрьской революции, в 1918 году, Самарская семинария была закрыта.
В настоящее время в здании дореволюционной Самарской духовной семинарии располагается один из корпусов Самарского технического университета.
В 1994 году в Самаре открыто Самарское епархиальное духовное училище. Решением Священного Синода от 17 июля 1997 года Самарскому Епархиальному Духовному училищу был придан статус духовной семинарии.
28 декабря 2018 года Священный Синод Русской православной церкви констатировал, что семинария имеет «существенные недостатки в обеспечении учебного процесса и реализации программ подготовки священнослужителей» и постановил приостановить набор студентов на магистерские программы с 2019/2020 учебного года до исправления ситуации и ходатайства Учебного комитета Русской православной церкви о возобновлении набора.
Ректор семинарии — протоиерей Максим Кокарев.
